sejarah yang teramat penting bagi bangsa Indonesia, yakni peristiwa Referendum pada tahun 1999 di mana sebagian besar rakyat Timor Timur memilih untuk Merdeka dari Kedaulatan Bangsa dan Negara Kesatuan Republik Indonesia. Peristiwa ini menjadi tonggak sejarah lahirnya sebuah Negara baru yakni Republik Democratic Timor Leste, yang sebelumnya adalah salah satu Provinsi dengan nama Provinsi Timor Timur yang menjadi bagian dari Negara Kesatuan Republik Indonesia. Tonggak sejarah ini juga menjadi peristiwa yang tak terpisahkan dari sejarah Universitas Timor (unimor) yang dulu adalah Universitas Timor Timur (Untim) yang didirikan di Provinsi Timor Timor pada tahun 1986, ketika itu masih menjadi bagian dari wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia. Peristiwa Referendum pada tahun 1999 menyebabkan masyarakat yang memilih untuk tetap bergabung dengan Negara kesatuan Republik Indonesia (pro-indonesia) mengungsi ke luar dari Timor Timur menuju ke berbagai provinsi di Indonesia. Saat itu masyarakat yang mengungsi lebih banyak memilih untuk mengungsi ke Timor Barat di wilayah Provinsi Nusa Tenggara Timur.
Setelah dilaksanakan studi kelayakan dan mengajukan usulan kepada Menteri Pendidikan dan Kebudayaan untuk mendirikan Universitas di perbatasan, maka ditebitkannnya Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional republik Indonesia nomor : 67/D/O/2000 tentang Pendirian Universitas Timor dan SK Pendirian Fakultas : 67/D/O/2000. 16 Juni 2000 : yang di terbitkan oleh Yayasan Pendidikan Cendana Wangi (Sandinawa) dan Perubahan status menjadi PTN berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor: 119 Tahun 2014, tertanggal 6 Oktober 2014 dan berlaku sejak diundangkan oleh Meteri Hukum dan Hak Asasi Manusia tanggal 9 Oktober 2014 tentang Pendirian Universitas Timor (UNIMOR), maka secara resmi Unimor telah berubah bentuk menjadi Perguruan Tinggi Negeri PTN, berlokasi di Kefamenanu, Kabupaten Timor Tengah Utara – Provinsi Nusa Tenggara Timur yang merupakan kawasan perbatasan Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) dengan Republik Demokratik Timor Leste (RDTL). Program studi yang dikelola oleh Fakultas Ekonomi :
- PS Ekonomi Pembangunan (Jenjang pendidikan S1)
- PS Manajemen (Jenjang pendidikan S1)